北京十二中本部校區（集團總部）位于豐臺區益澤路15號，截至2019年9月初高中共有53個教學班、1890名在校生。本部校區率先將人工智能引入課堂，開展“高端備課”項目教學研究。擁有腦與記憶、生態與環境、超導技術等十五個高端創新工作室和北京市化學重點實驗中心，形成了科技教育、藝術教育、體育健康、社會實踐、心理教育五大品牌。